Tal como os partidos, as Forças Armadas também estavam divididas sobre as eleições. Mas não no topo da sua hierarquia. O novo Presidente, General Costa Gomes declarou ser “pessoalmente hostil a uma participação do MFA na Assembleia Constituinte. (…) o MFA cumprirá melhor a sua missão mantendo-se afastado das lutas políticas partidárias”. Em janeiro, o tenente-coronel Carlos Fabião, membro da Junta de Salvação Nacional, garantia à imprensa que “o Movimento das Forças Armadas de Portugal não participará nos trabalhos da Assembleia Constituinte, contrariamente ao desejo manifestado pelo Partido Comunista”.

Sobre o adiamento das eleições, a Comissão Coordenadora do MFA já tinha reiterado, a pretexto da passagem do sexto mês sobre o 25 de Abril, que as eleições teriam lugar na data prevista. No dia de Ano Novo, Costa Gomes reafirma a sua posição, terminando a uma mensagem ao país com “vamos entrar num trimestre eleitoral com o ansioso nervosismo de participar nas primeiras eleições autênticas”. E no fim de janeiro, o Conselho dos Vinte, organismo que reunia todos os oficiais com funções político-militares, comunicou categoricamente que “o Movimento das Forças Armadas assegurará a realização e legitimidade das eleições para a Assembleia Constituinte, condenando as acções que, de qualquer modo, ponham em dúvida ou em causa a sua realização.” A efetivação das eleições chegou mesmo a ser apresentada como uma questão de “honra militar”: cumprir uma promessa feita aos portugueses.