A Guiné, primeira etapa do processo de negociações, apresentava várias especificidades:

• Exigência do reconhecimento de um Estado soberano, o que ultrapassava as formulações elaboradas pelo MFA e por outros responsáveis políticos;

• Situação militar desfavorável para Portugal, admitindo-se a possibilidade de uma derrota;

• MFA, desde a sua origem, forte e bem estruturado;

• Spínola empenhara-se ali num projeto pessoal enquanto governador, que tentou continuar depois do 25 de Abril;

• Ligação natural ao problema de Cabo Verde pelo facto de o Partido Africano da Independência da Guiné e Cabo Verde (PAIGC), único interlocutor com legitimidade revolucionária inquestionável, ser um partido comum aos dois territórios.

Carlos Fabião é designado delegado da Junta de Salvação Nacional (JSN) para a Guiné e chega a Bissau em 7 de maio. Homem do MFA desde a primeira hora, era porventura o militar português com maior experiência da Guiné e tinha a confiança de Spínola. Era a escolha exata.

Desde os seus primeiros contactos, Fabião compreendeu a nova realidade guineense e como eram utópicas as diretivas de Spínola de dar continuidade ao seu projeto político. A situação social começou a acusar alguma instabilidade e enquanto as forças armadas portuguesas se remeteram a uma estratégia defensiva de vigilância das fronteiras e segurança das populações sob o seu controlo, o PAIGC intensificou a luta armada por considerar insuficientes as posições da JSN.

Surgiram vários agrupamentos políticos que pretendiam ter voz ativa nas negociações que se desenhavam.

• Alguns já em 1961-1962 haviam participado episodicamente em ações armadas, como o Movimento de Libertação da Guiné (MLG), ou apenas numa pouco empenhada atividade política, como a Frente para a Libertação e Independência Nacional da Guiné (FLING).

• Outros, também anteriores ao 25 de Abril e que tinham sido tolerados pelo sistema colonial, defendiam formas de ligação a Portugal, como o Movimento Democrático da Guiné (MDG) e a Liga Popular dos Guinéus (LPG).

• Outros ainda, como a Comissão de Juventude para a Unidade e Progresso dos Povos (CJUPP), a União Democrática da Guiné (UDG), a Frente Unida para a Liberdade (FUL), tiveram reduzida expressão.

O PAIGC fez saber que não aceitava partilhar as negociações com estes grupos, dado que era o único interlocutor legitimado pela luta armada de libertação e internacionalmente reconhecido.

Fora o PAIGC que, em 24 de setembro de 1973, em Madina do Boé, declarara unilateralmente a independência da Guiné-Bissau, reconhecida por mais de 80 Estados e saudada na Assembleia Geral da ONU, em resolução aprovada por larga maioria (2-11-1974).

Desde novembro de 1972 que o PAIGC obtivera o estatuto de observador na ONU e de único e autêntico representante do povo da Guiné e Cabo Verde, após uma missão especial ter visitado a Guiné e constatado a existência de zonas libertadas. Em junho de 1974, todos os membros da OUA reconheciam o PAIGC como único representante do povo da Guiné-Bissau.

A 25 desse mês iniciam-se em Londres negociações entre duas delegações, num clima de geral otimismo, dado o gesto conciliador do PAIGC, que interrompe todas as operações militares. Desse encontro resulta a presença de um delegado do PAIGC em Bissau, junto do responsável português, e uma ligação rádio entre o governo de Bissau e a direção do PAIGC em Conacri. Dificuldades centradas em torno do reconhecimento da independência da Guiné e da extensão desse direito a Cabo Verde fazem fracassar esta primeira ronda negocial.

As negociações recomeçariam em Argel, em 13 de junho, mas saldam-se em novo fracasso.

Durante este impasse intensificaram-se dois tipos de pressões sobre a parte portuguesa, quer por parte de alguns dos militares da Guiné quer por parte de organizações internacionais como a ONU.

Vão-se registando também contactos entre militares portugueses e guerrilheiros nas zonas operacionais. Nessa sequência, por iniciativa do PAIGC – e obtida a concordância de Spínola –, uma delegação portuguesa chefiada pelo próprio Carlos Fabião e uma delegação do PAIGC chefiada por José Araújo, seu dirigente destacado, tiveram encontros nas matas do Cantanhez, de que resultou a cessação das hostilidades em todo o território.
As negociações recomeçaram em Argel, no final de agosto, continuando a delegação portuguesa a ser liderada pelos ministros dos Negócios Estrangeiros e da Coordenação Interterritorial, Mário Soares e Almeida Santos.

O acordo foi assinado em 26 de agosto de 1974 e ratificado pelo Presidente português em 29.