A fase da transferência do poder em São Tomé e Príncipe não se apresentava com caráter de urgência e, em face de outras colónias, a sua prioridade foi secundarizada. Não tinha havido luta armada de libertação e o território facilitava um controlo eficaz pelas autoridades portuguesas.

Havia, porém, condições sociológicas complexas e a memória de lutas contra a administração colonial. Durante o período colonial, as populações locais recusavam o trabalho nas empresas da monocultura do cacau, porque a tradição associava a monocultura à escravatura, sistema em que já assentara a anterior monocultura do açúcar. As roças de cacau recorriam por isso à mão-de-obra «contratada» em Cabo Verde, Angola e Moçambique. Em fevereiro de 1953, uma tentativa para estender o «contrato» aos são-tomenses choca com a sua recusa, o que provoca uma violenta repressão, traduzida em mais de 1000 mortos e que ficou conhecida por «massacre de Batepá».

Em setembro de 1960 é fundado o Comité de Libertação de São Tomé e Príncipe (CLSTP), que em 1961 participa em Marrocos, com os movimentos das outras colónias portuguesas de África, na fundação do CONCP e, em 1962, é reconhecido pela OUA como único e legítimo representante do povo do arquipélago. Os seus dirigentes estavam exilados na República do Gabão e, em 1972, transformaram o Comité em Movimento de Libertação de São Tomé e Príncipe (MLSTP).

Após o 25 de Abril, o governador, que não teve a hostilidade do MFA, foi mantido em funções até finais de julho, quando foi substituído por Pires Veloso, oficial ligado ao MFA desde as suas origens.

O MLSTP, enquanto não havia condições para a sua legalização, saiu da clandestinidade através da Associação Cívica pró-MLSTP, que passou a desenvolver intensa atividade política e que mais tarde veio a assumir-se como a ala radical do Movimento, apelidando mesmo os outros setores de reacionários e de aliados da Frente Popular Livre (FPL). Este grupo, surgido após o 25 de Abril, preconizava uma solução federativa com Portugal, mas desapareceu rapidamente. Pires Veloso viria a afirmar mais tarde que quando chegou a São Tomé, três meses depois do 25 de Abril, «já toda a gente pedia a independência imediata».

Segue-se um período de grande instabilidade social, com greves e manifestações, que originam confrontações com forças policiais e militares, e de que resultou o abandono quase total dos quadros portugueses das roças. Esta agitação fora fomentada pela minoria radical da Ação Cívica, que conseguiu alguma influência entre os militares são-tomenses do exército, tendo-se chegado a recear uma tentativa de tomada violenta do poder. O comunicado da visita do secretário-geral da ONU, nos princípios de agosto, em que Portugal reconhece o direito à autodeterminação e independência do território, não elimina todas as desconfianças que persistiram em torno do reconhecimento do MLSTP como único interlocutor nas negociações, exigência a que Portugal não dava resposta. Este reconhecimento recebia o apoio dos oficiais dos três ramos das forças armadas ali em serviço, assumido por unanimidade numa reunião de 12 de outubro.

As negociações vieram a ocorrer em novembro de 1974, em Argel, entre a delegação de Portugal, dirigida pelo ministro Almeida Santos, e a do MLSTP.
O acordo foi assinado em 26 de novembro, deste constando as seguintes determinações:

• Portugal reafirmava o direito do povo de São Tomé e Príncipe à autodeterminação e independência e reconhecia o MLSTP como interlocutor único e legítimo representante do povo de São Tomé e Príncipe;
• Os órgãos de governo para o período de transição eram um alto-comissário e um governo de transição: o alto-comissário era nomeado pelo Presidente da República e competia-lhe representar o Estado português no território; o governo de transição, com um primeiro-ministro e quatro ministros nomeados pelo MLSTP e um ministro nomeado pelo Presidente da República, tinha competência legislativa e executiva.
• As forças armadas dependiam do alto-comissário, a quem, no caso de intervenção, cabia o seu comando e coordenação, assistido pelo primeiro-ministro. As forças policiais dependiam do primeiro-ministro.
• Era criado um banco central com atribuições de banco emissor. A 7 de julho de 1975 seria eleita uma assembleia representativa do povo de São Tomé e Príncipe, que, em 12 de julho de 1975, proclamaria a independência do Estado e posteriormente elaboraria a sua constituição.
• As forças militares portuguesas deixariam o território até 30 dias após a independência e o Governo português e o MLSTP regulariam as medidas relativas aos militares naturais do arquipélago.

Este protocolo foi promulgado pelo Presidente da República em 17 de dezembro de 1974, juntamente com a Lei n.º 12/74, que criava os órgãos de governo para o período de transição.

Tal como em Cabo Verde, este critério conciliou o reconhecimento de um único interlocutor legítimo com um processo eleitoral para escolha popular de uma Assembleia que receberia os poderes soberanos.

Em 21 de dezembro de 1974 tomaram posse Pires Veloso como alto-comissário e o governo de transição. O governo carecia de homogeneidade entre os ministros do MLSTP. A agudização das divergências, criadas pela presença de dois ministros da fação da Associação Cívica, levou a que o MLSTP os demitisse nos finais de março, os quais vieram a abandonar o território juntamente com outros elementos da Associação. O secretário-geral do MLSTP difundiu um comunicado, condenando a ação da Associação Cívica como contrária à linha política do Movimento e desautorizando declarações de elementos seus à imprensa portuguesa, que já tinham sido objeto de denúncia por parte do alto-comissário.

Durante o mesmo mês de março de 1975 surgiu um conflito entre os dirigentes do MLSTP e o alto-comissário, traduzido numa troca de ofícios entre este e o primeiro-ministro. O MLSTP pretendia a dissolução do contingente são-tomense das forças militares portuguesas – quase a sua totalidade – e a sua transformação numa milícia popular. Isto contrariava o Acordo de Argel e deixava o alto-comissário sem poder para solucionar eventuais incidentes. Os ministros e outros membros do Bureau Político seguiram para o Gabão, onde efetuaram uma reunião e mantiveram as suas exigências. O alto-comissário não cedeu, fez algumas exibições de força, com visitas a quartéis e exercícios de fogos reais, e alertou o MLSTP para a violação do acordo que deixava a imagem de não desejarem a continuação da cooperação portuguesa, pelo que ameaçava retirar-se para Lisboa e aí propor a antecipação da independência e o termo da ajuda económica portuguesa.

O incidente sanou-se e o processo retomou o seu curso normal. Procedeu-se ao recenseamento eleitoral, apurando-se 21 000 eleitores, correspondentes a um terço da população. Em princípios de maio era publicada a lei eleitoral. Ainda antes da independência estabeleceram-se as bases para a futura cooperação com Portugal, enquanto elementos destacados do MLSTP preconizavam uma política externa de não alinhamento para o futuro Estado.