Para impedir tais «crimes», a PIDE utilizava vários instrumentos, sendo o regime de prisão preventiva um deles. Se até 1945 a prisão preventiva, anterior ao julgamento, não tinha limite temporal, a partir de então passou a ter a duração de três meses. Contudo, estes podiam ser prorrogados por dois períodos de 45 dias, por proposta da PIDE e com a anuência do Ministério do Interior. Por esta via, a polícia política podia manter os detidos preventivamente durante seis meses, eximindo-se à tutela judicial. Ao fim desse período, libertado o «criminoso», a PIDE podia recapturá-lo à saída da prisão e fazê-lo cumprir um novo período de seis meses.
A polícia política do regime fazia ainda uso das medidas de segurança. Estas eram, na sua origem, dirigidas a pessoas com problemas de saúde mental, alcoolismo, vadios, etc. A partir de 1945 passam a poder ser aplicadas a «delinquentes» políticos, em particular a membros do Partido Comunista ou a outros que exercessem atividades subversivas ou praticassem crimes contra a segurança do Estado.
Pelo Decreto-Lei n.º 36 387, de 1 de julho de 1947, a PIDE passou a poder aplicar medidas de segurança e ao governo foi atribuída a faculdade administrativa de fixar residência ou expulsar do país, sem processo judicial nem julgamento, «indivíduos cuja atividade» fizesse «recear a perpetração de crimes contra a segurança do Estado».
Medidas de segurança e torturas em Portugal. Dezembro de 1965. Fonte: FMSMB / Fundo Isabel do Carmo/Carlos Antunes
Em 12 de março de 1956, o Decreto-Lei n.º 40 550 agravou o regime das medidas de segurança aplicáveis aos suspeitos de práticas subversivas «por período indeterminado de seis meses a três anos, prorrogável por períodos sucessivos de três anos, desde que continuassem (os «internados») a revelar-se «perigosos».
A Guerra Colonial agravou ainda mais a aplicação das medidas de segurança, com os ministros da Justiça e do Ultramar a autorizar, em 1966, que as penas ou medidas de segurança aplicadas pelos tribunais da metrópole fossem executadas nos estabelecimentos prisionais das colónias. Quanto às medidas de segurança ou penas impostas pelos tribunais coloniais, estas passaram a poder ser cumpridas nos estabelecimentos da metrópole ou das ilhas adjacentes.
No Marcelismo as medidas de segurança de internamento para «delinquentes políticos» foram abolidas na chamada metrópole (Decreto-Lei n.º 450/72, de 14 de novembro), mas não na jurisdição penal ultramarina.
